O Colégio La Salle São João trabalha com o aperfeiçoamento constantemente dos projetos pedagógicos. Em sintonia com as tendências tecnológicas e culturais, preza por uma educação voltada à formação humanizadora e uma cultura baseada nos valores lassalistas.
Protagonista de seu saber, o estudante é estimulado a pensar, descobrir e buscar alternativas para a solução de problemas de seu cotidiano. Assim, ele desenvolve habilidades e competências que transcendem o espaço da sala de aula, inspirados nos valores da Cultura Lassalista.
O Colégio La Salle São João proporciona atividades e capacitações internas que primam pela atualização do conhecimento de seus educadores, promovendo o acompanhamento das novidades do mercado educacional. Além disso, incentiva a qualificação acadêmica de seus professores para que ampliem seus conhecimentos e aprimorem suas habilidades.
A Escola em Pastoral Lassalista possui uma proposta de formação de líderes, por meio de atividades que promovem a evangelização e o protagonismo juvenil, desenvolvendo o espírito de liderança a partir da fraternidade, da consciência crítica e da solidariedade.